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最近在学习RNAseq有参转录组数据自主分析，在学习基因表达差异分...
差异分析要两个分组，你现在只有一个分组，需要写另一个分组 你看看你的样品是不是6个，依次给分组；例如人家有6个样品，分了两个组：
回答于 2019-09-17 18:52
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最近在学习RNAseq有参转录组数据自主分析，在学习基因表达差异分...
相同的分组，要用相同的名字例如 "Carambola_T01","Carambola_T02","Carambola_T03" 你这个应该是生物学重复分成一组，用相同的组名："Carambola","Carambola","Carambola" R语言基础不好建议学习：R语言画图、R语言快速入门与提高
回答于 2019-09-17 17:04
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请问使用MCScanX绘制物种内基因共线性出现了共线性连接，但是使...
怀疑是染色体编号不统一，检查染色体配置文件的第三列染色号，是不是和其他配置文件里面的染色体标号一致； https://www.omicsclass.com/article/644
回答于 2019-09-17 17:00
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请教：基因与mRNA的对应关系分析不正确
这种情况 你需要自己编写程序 根据gff文件的内容把基因的ID于蛋白ID修改一致； 脚本参考：https://www.omicsclass.com/article/566
回答于 2019-09-16 13:12
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基因家族成员命名
不同的家族命名方法不一样，一般按照家族成员在染色体上的顺序依次编号； 你可以再看看你研究的家族在其他物种中是如何命名的，查阅相关文献参考一下： 可参考基因家族文献解读命名方法
回答于 2019-09-16 12:47
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如何针对没有基因组，只有无参转录组数据，鉴定筛选一个基因的家...
没有基因组，不知道基因在哪个染色体，无法分析共线性，染色体分析； 单个基因分析可以用NCBI的CDD：https://www.omicsclass.com/article/310 有蛋白质序列就可以按照课程来分析；无参的关于染色体的分析都无法分析；
回答于 2019-09-13 20:55