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老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？rea...
read counts是测序之后每个基因测到的reads数量，可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads数；例如DESeq2等等； FPKM和TMP，RSEM等都是对reads进行标准化，只是计算方法不一样：https://www.omicsclass.com/article/615，方便比较； 因为一个基因测到的reads数量与他的基因长度，表达量，测序数据量有关...
回答于 2019-10-06 10:38
关于mcscan问题
按理来说氨基酸序列和cds序列都是可以的，只是不同的软件支持输入的文件不一样，我们课程是安装软件的使用说明来的，你也可以自己去看软件官方的使用说明。或者尝试换一种序列试试；
回答于 2019-10-06 10:32
老师您好，我在安装MCScanX时，按照手册修改好了三个文件，make...
你重新安装吧，可能哪里修改错了：https://www.omicsclass.com/article/104 安装方法见：https://www.omicsclass.com/article/275
回答于 2019-10-06 10:29
基因家族分析文章：筛选时为什么选用基因组数据库的编码蛋白，而...
基因组已经已知，很多基因的蛋白质氨基酸序列已经知道，我们是搜索蛋白序列上的结构域序列，而不是用蛋白质组技术鉴定；
回答于 2019-10-06 10:23
使用bio-linux中sratoolkit里prefetch下载数据，但是无法打开试...
环境变量biolinux为Ubuntu系统见：https://www.omicsclass.com/article/387 软件安装不知道你安装是否正确，如果安装正确需要把软件的安装目录添加到环境变量中，才可以像你截图一样使用； 具体可以学习：：linux系统使用 里面有解释软件安装与环境变量设置；
回答于 2019-10-06 10:13
老师，构建拟南芥特异性nbs基因家族hmm文件进行hmmsearch（e-20...
我看绝大多数文章都是需要使用数据库确认结构域的，以确保结果的准确性； 你要是能却认结果的准确性，不进行这一步也是可以的；
回答于 2019-09-30 17:27
GO层级整理
GO层次关系存在这一个obo的文件里面，直接下载就好：http://geneontology.org/docs/download-ontology/ 如果需要整理的话，需要自行编写perl或者python脚本才能完成， perl入门到精通、perl语言高级 python： https://www.omicsclass.com/article/1031
回答于 2019-09-29 10:21
老师，你好。在做有参转录组分析，转录本基因表达量出来之后，发...
肯定是有的，你检查你定量用的基因组基因注释文件gff或者gtf文件，手动搜索确认一下是否含有这些ID；
回答于 2019-09-29 09:53