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GEO数据挖掘中遇见的问题
目前ordb支出的物种见：http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb 不同的物种之间不能混用，因为基因ID的对应关系不一致； 如果上面没有对应的物种，可以参考这个：https://www.omicsclass.com/article/302
回答于 2020-01-18 14:51
clustalw2多序列比对，序列输入不进去
检查你输入的序列里面的的ID是否有重复的，如果有重复的会出现输入不进去。 参考：https://www.omicsclass.com/question/1621
回答于 2020-01-10 09:30
SNPcalling的方式有samtools结合bcftools，或者bcftools，或者ga...
SNPCalling 两种方法： samtools结合bcftoolsGATK 以上两种方法任选其一就可以
回答于 2020-01-10 09:27
你好，老师，能用R语言软件分析GEO数据库中关于lncRNA、microRNA...
当然可以了，你可以找到GEO中甲基化芯片数据，然后再利用R语言中相应的R包进行分析就可以了。
回答于 2020-01-09 11:17
请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题
脚本要求输入gff格式的文件才可以正常运行，不要输入gtf格式的文件，会报错； 请 下载参考基因组里面对应的gff文件再运行此脚本。 另外，gff文件是可以转换成gtf文件，但是gtf文件无法转换成gff文件。
回答于 2020-01-09 11:12
请教！基因结构分析出现这样的问题如何解决？
我看你的命令行输入的是拟南芥的GFF文件，但是截图是其他物种的，请确保自己的文件里面的信息来自于同一物种的一套参考基因组； 不同物种基因ID不一样，染色体也不一样，程序肯定会报错的；
回答于 2020-01-09 11:10
在提取1500bp序列做顺式作用元件检测时，使用tiquxulie.pl这个脚...
建议你提高自己笔记本的内存，详细信息见：https://www.omicsclass.com/question/1231
回答于 2020-01-09 11:08