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4072 个回答

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tiqu

你的GFF格式有问题吧

回答于 2019-12-25 17:57

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swissport功能注释

最好用基因的cds序列进行同源比对注释,直接scaffold序列注释不合理。

回答于 2019-12-25 10:29

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您好,我用Linux找到的基因其中有两个基因我用DNAMAN进行蛋白比...

嗯,不想要,可以去掉。

回答于 2019-12-24 18:05

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进化树boostrap值过滤

建议删除序列重新比对构树

回答于 2019-12-24 18:04

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您好,我用Linux找到的基因其中有两个基因相似度差不多九十八了...

你是在做基因家族加倍与复制分析吗?  如果不是,我这不好给你回答,因为不知道你的分析目的 如果是在查找基因家族成员的加倍与复制,可以保留,单独说明一下就可以; 但是,不能说是串联重复或者大片段复制;

回答于 2019-12-24 11:35

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Ilumina芯片 IDAT原始数据标准化处理

illumina的芯片数据可以下载这个文件进行数据处理: GEO数据介绍:https://www.omicsclass.com/article/1100

回答于 2019-12-23 13:43

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pheatmap绘图报错

这两个变量也检查一下,先注释掉这个两行运行一下:逐一排查 这个变量是设置分组颜色的,如果不需要就不用设置了

回答于 2019-12-23 11:20

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基因组信息

不知道你要改成什么样子? 你可以看看例子拟南芥的GFF文件和你的对比一下缺失什么: 看你的GFF文件缺少 gene行,你应该添加上: 还有我们的脚本会读取第九列,ID和Parent信息。

回答于 2019-12-23 11:16

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circos圈图内部线不显示

这里的染色体名称要一致才行:

回答于 2019-12-23 11:14

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相关系数矩阵

可以用R语言中的p.adjust() 函数完成矫正: p.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p))p.adjust.methods# c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY",#   "fdr", "none")

回答于 2019-12-23 11:13