检查你输入的序列里面的的ID是否有重复的,如果有重复的会出现输入不进去。 参考:https://www.omicsclass.com/question/1621
回答于 2020-01-10 09:30
SNPCalling 两种方法: samtools结合bcftoolsGATK 以上两种方法任选其一就可以
回答于 2020-01-10 09:27
当然可以了,你可以找到GEO中甲基化芯片数据,然后再利用R语言中相应的R包进行分析就可以了。
回答于 2020-01-09 11:17
脚本要求输入gff格式的文件才可以正常运行,不要输入gtf格式的文件,会报错; 请 下载参考基因组里面对应的gff文件再运行此脚本。 另外,gff文件是可以转换成gtf文件,但是gtf文件无法转换成gff文件。
回答于 2020-01-09 11:12
我看你的命令行输入的是拟南芥的GFF文件,但是截图是其他物种的,请确保自己的文件里面的信息来自于同一物种的一套参考基因组; 不同物种基因ID不一样,染色体也不一样,程序肯定会报错的;
回答于 2020-01-09 11:10
建议你提高自己笔记本的内存,详细信息见:https://www.omicsclass.com/question/1231
回答于 2020-01-09 11:08
看看这个文件里面的染色体ID与bed,里面的染色体ID是否一致: 更多可见:https://www.omicsclass.com/question/1361
回答于 2020-01-08 13:43