采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时,用inner_distance.py报错。

我在学习转录组数据自主分析,在第11课实验质量评估,采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时,用inner_distance.py报错。

报错信息:

manager@bl8vbox[QC] inner_distance.py -i /home/manager/rnaseq/work/3.alignments/hisat2/UHR.bam    -r stringtie_merged.bed  -o UHR_inner_size

Traceback (most recent call last):

  File "/usr/local/bin/inner_distance.py", line 4, in <module>

    import pkg_resources

  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources.py", line 2749, in <module>

    working_set = WorkingSet._build_master()

  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources.py", line 444, in _build_master

    ws.require(__requires__)

  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources.py", line 725, in require

    needed = self.resolve(parse_requirements(requirements))

  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources.py", line 628, in resolve

    raise DistributionNotFound(req)

pkg_resources.DistributionNotFound: pysam

网上也搜索了报错信息,还是不明白,不知道怎么解决。
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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

python中没有正确安装好pysam这个包:pysam

查看你的默认的Python中是否安装了这个包。   或者检查你的默认的Python里面是否正确安装:RSeQC 这个包

Linux基础不好建议学习:linux系统使用

生物信息入门到精通必修基础课:biolinux搭建生物信息分析环境linux命令处理生物大数据perl入门到精通perl语言高级R语言画图R语言快速入门与提高python语言入门到精通

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yk8488

谢谢omicsgene大神的回答

我学习了咱们的linux课了,都学了,大讲堂出的课我大部分都有。这个pysam包我也安装了,但还是存在问题。我尽量将我的问题都描述清楚。我用的组学大讲堂的biolinux。

安装pysam结果如下:

命令:pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pysam

x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/tmp/pip_build_manager/pysam/htslib -I/tmp/pip_build_manager/pysam/samtools -I/tmp/pip_build_manager/pysam/samtools/lz4 -I/tmp/pip_build_manager/pysam/bcftools -I/tmp/pip_build_manager/pysam/pysam -I/tmp/pip_build_manager/pysam -I/usr/include/python2.7 -c pysam/libchtslib.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pysam/libchtslib.o -Wno-unused -Wno-strict-prototypes -Wno-sign-compare -Wno-error=declaration-after-statement


pysam/libchtslib.c:1:2: error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.


 #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.


  ^


error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1


----------------------------------------

Cleaning up...

Command /usr/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip_build_manager/pysam/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-l7Jyzv-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile failed with error code 1 in /tmp/pip_build_manager/pysam

Storing debug log for failure in /home/manager/.pip/pip.log

运行pip list 结果,里面有RSeQC,但是没有pysam 。这个好像是biolinux里面本来就有的

attachments-2020-02-TZmEo2mK5e410a483dbaf.png

搜索RSeqc ,在biolinux里面有两个文件夹

1./usr/local/lib/python2.7/dist-packages

2./biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/site-packages





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  • yk8488 提出于 2020-02-09 16:29