不明白你的list是一个文件吗? 还是R语言里面的list数据,建议你截图说明。 如果是从别人那里拷贝的数据,可以整理成表格形式的文本文件,用R语言里面的read.table 函数读进去就得到dataframe数据;
回答于 2020-01-02 10:23
我看你的group.txt里面有NA你处理一下呀,这就是错误。 你参考这个重新读入:https://www.omicsclass.com/question/2124 建议用notepad++编辑文本文件,避免一些不必要的错误。
回答于 2019-12-31 14:12
用 ll 命令检查路径是否存在: 例如: ll /home/manager/GD_HF_Mb/my_gene_family/MCScanX/mcscan/AT.gff 如果存在会打印信息,不存在会报错; 再有,如果输入文件的路径都写对了,再把所有的文件都打开看看,染色体ID是否一致,基因ID是否一致;
回答于 2019-12-31 14:11
可以参考这个:https://www.omicsclass.com/question/2124 和 https://www.omicsclass.com/question/2121 检查一下这些变量是否有问题
回答于 2019-12-31 09:53
看看这个,染色体ID可能不一致:https://www.omicsclass.com/question/1361
回答于 2019-12-31 09:48
还可以排查一下染色体名称: 可以看看这个:https://www.omicsclass.com/question/1605 还有这个:https://www.omicsclass.com/article/572
回答于 2019-12-31 09:48
你的group 样品分组变量建立有问题,建议你自己整理一个分组文件,第一列为样本ID,第二列为分组名称,然后用read.table读入: ####################手动制作分组group变量###############################################3 #从文件读取分组信息, #group.txt文件格式: # Id group # TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 Tumor...
回答于 2019-12-31 09:40
检查一下rawdata这个表格变量是否有问题,里面是否是基因在样本中的count值,是否含有NA。
回答于 2019-12-30 17:46
如果序列相似性高,是可以直接构建进化树的。 但是,有时候序列差异到,无法构建进化树,所以需要手动或者借助软件删除一些差异大的区域,保留保守的区域构建进化树。
回答于 2019-12-30 17:40