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单细胞测序，想要以选定的基因绘制2.2这样的图，应该怎么做
这个图是这部分代码绘制的： 你可以参考后面的monocle3课程读入 monocle3 的结果，自己写R代码单独绘图： plot_cells(cds, genes=c("cpna-2", "egl-21", "ram-2", "inos-1")) 这里有官方教程：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/clustering/
回答于 2025-05-19 18:39
单细胞测序生成的图片基因名字字体比较小，需要修改什么参数
这个没有提供参数修改，你需要自己看懂R代码，手动修改才行； 或者自己读人qs文件用R代码 seurat 包里面的FeaturePlot 绘制；
回答于 2025-05-19 09:23
ParaAT批量比对，该怎么执行+X？
找到Epal2nal.pl 文件路径，执行： chmod a+x /work/my_gene_familypear5.5/scripts//ParaT/Epal2nal.pl
回答于 2025-05-16 09:16
拟时分析筛选出的差异基因数量太少，有没有可以调整的参数去增加...
差异基因在这个文件里面：3.trajectory_deg_sig_genes_with_cluster.tsv 可以设置参数：如 增大 --q_value ； 减小 --morans_I 来增加差异基因的数量；
回答于 2025-05-15 17:28
泛基因家族分析
没有GFF文件做不了 泛基因家族分析的。如果有基因组序列可以自己注释一个GFF文件出来；点击学习：https://bdtcd.xetlk.com/s/2TnPfm
回答于 2025-05-09 08:51
IBD 计算2
我们的代码都是测试通过的，大部分报错都是文件格式问题，你仔细核对自己的数据和示例数据差别，确保列分隔符是tab键； windows里面记事本编辑过的文件很容易报错， 一定要注意编码格式，建议用notepad++等文本编辑工具编辑：https://www.omicsclass.com/article/395
回答于 2025-04-30 17:20