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重测率,比对率

可以写一个perl或者python脚本批量从文件里面提取;

回答于 2025-04-08 14:13

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GATK硬标记过滤速度慢

对的,GATK java软件数据量大慢正常的额,耐心等待;

回答于 2025-04-07 15:29

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GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题

检查了示例文件,这地方的基因型有些特殊,不标准,导致beagle 报错: 运行下面的代码修改一下 zcat ../00.filter/clean.vcf.gz |sed 's#\t.:#\t./.:#g' |gzip - >  clean.vcf.gz 新文件输入运行beagle beagle  -Xmx4g -Djava.io.tmpdir=./ gt=clean.vcf.gz   out=all.impute impute=true window=10 nthreads=2

回答于 2025-04-03 11:00

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老师你好,我用全长序列进行比对构建进化树时,发现许多序列的长...

要做多序列比对,比对完了,如果序列差异大,可保留保守的区域构建进化树;

回答于 2025-04-03 10:59

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在JGI上下载gff文件和fa.gz文件有问题,感谢答疑

这里提示文件格式不对,你下载的数据是不是解压过,解压了,就不要加gz后缀了:

回答于 2025-04-02 09:02

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泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错

core dumped 可能是电脑系统软件编译问题,导致运行不了,建议换个电脑试试的; 或者到我们云服务器上分析数据;

回答于 2025-03-31 17:28

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻...

只是 警告信息,忽略就行,耐心等待程序运行完成;

回答于 2025-03-28 17:17

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻...

已经生成GFF了,不知道你说的报错指的是什么?

回答于 2025-03-28 13:39

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老师,别人发的一篇泛基因组文章,应该是从头组装构建的,每个基...

可行的,但是操作起来比较麻烦。建议自己从头构建吧 泛基因组构建有课程见:https://bdtcd.xetlk.com/s/lIqL9

回答于 2025-03-28 13:17

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服务器putty上可以进行内存设定和线程设定吗?我按照基因家族环...

把这个参数去掉:--cpus 1

回答于 2025-03-26 09:35