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docker load -i /mnt/data/home/liangziyang/metagenomics-data/...
docker 加载镜像默认放在家目录下，你的家目录满了吧； df -h #查看存储
回答于 2025-04-29 09:30
单细胞测序的细胞通讯分析
看看这个问题：https://www.omicsclass.com/question/7704 cellchat的bug，你用数字代替细胞分组
回答于 2025-04-28 17:27
单细胞测序数据两个子集合并
下面是手动修改列名的R代码，你自己可以运行修改一下： # 加载必要的包library(Seurat)library(dplyr)## 1. 创建示例Seurat对象（如果已有数据可跳过此步）# 使用Seurat内置数据集seurat_obj <- readRDS("subsetCD8.reanalysis.rds")# 查看原始metadata列名cat("原始metadata列名:\n")print(colnames(seurat_obj@meta.d...
回答于 2025-04-27 17:42
使用单细胞转录组课程中的代码进行GSVA分析时，找不到所关注的通...
内置的 基因集数据库用的R包是这个：msigdbr 说明：https://igordot.github.io/msigdbr/articles/msigdbr-intro.html 常见基因集： gs_catgs_subcatnum_genesetsC1299C2CGP3384C2CP29C2CP:BIOCARTA292C2CP:KEGG186C2CP:PID196C2CP:REACTOME1615C2CP:WIKIPATHWAYS664C3MIR:MIRDB2377C3MIR:MIR_Legacy221C3TFT:GTRD518C3T...
回答于 2025-04-27 10:09
如何合并两个单细胞测序中的两个子集？
还是用之前的脚本合并：示例脚本在： 03.seurat_cluster.sh #合并数据Rscript $scripts/merge_seurat_obj.r -i CD4.added.celltype.rds CD8.added.celltype.rds -p all.sample.merged
回答于 2025-04-27 09:41