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对原始序列进行去接头，删除低质量的reads

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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时主脚本通过 SLURM 调度系统提交作业，使用 GNU Parallel 并行处理多个样本并调用 HaplotypeCaller 脚本，目前运行了约六七个小时，我的工作日志.err和.out都为空这是正常的吗？

  • Geő 2025-05-14 17:06
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10 群体遗传分析中iqtree构建系统进化树出现警告和错误

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用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

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利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

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GATK 很慢，怎样分染色体CALL 变异

1 解决

GATK硬标记过滤速度慢

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老师，我在做dadi分析的时候，发现没有代码里显示的easySFS.py的脚本，给的文件里也没有，就一直报错

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老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

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合并GVCF文件

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测序文件中提取基因序列

  • bomm 2025-03-09 22:57
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老师您好，分析SNP和INDEL时报错，请解答。

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重测序分析

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老师您好，我在参考基因组比对的时候，出现报错，请老师解答

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老师您好，我在参考基因组比对的时候出现报错

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老师您好，在参考基因组比对时出错。

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老师您好，我的重测序数据在NCBI上按照（双端下载是这样：https://www.omicsclass.com/article/1703）这个教程下载的，但是在做数据质控的时候总是报错，以下是数据，您看看哪儿存在问题。

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重测序分析

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如何下载别人的重测序数据

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xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'