juice box调整hic挂载数据

juice box调整hic挂载数据,hic数据用3d-DNA 进行了-r 2进行了两轮矫正,后面产生了很多小的scaf,不属于我的染色体(已经划分出20条了),这些小的片段怎么处理呢,3d-DNA中-m 是选单倍体好呢,还是二倍体模式,我的材料是自交的二倍作物,谢谢

-m --mode haploid/diploid	单倍体/二倍体模式(默认单


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1 个回答

Ti Amo

本软件不在课程范围内。具体model指定根据自己材料特性来,一般默认,效果不好换一个model。小片段不同文献处理方式不同,合并成chrUn或者是不处理都有

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