1 解决

GATK硬标记过滤速度慢

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成功得到了gvcf文件后，合并gvcf文件时，在导入db步骤中，由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围，因此我使用CSI建立索引后，发现导入db的代码依旧无法运行，需要idx格式的索引，怎么办

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10 请问老师我跟着重测序课程做到了VCF过滤这步,是不是三种方法任意使用一种方法过滤就好.

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请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.

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老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述，小麦基因组

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老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（二三百个样本），运行成功的单个样本运行了24+个小时，尝试了采用ParaFly工具多任务并行，并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&（一个gatk.g.sh对应一个样本），但是都是在十几分钟后终止进程了，查看了其中一个gatk.g.sh.o文件，文件内容如下，烦请老师帮忙提出问题及解决方法，非常感谢

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20 群体遗传构建进化树格式转换报错

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老师您好，使用beagle 进行基因型填充的时候填充依据是什么啊，是后台有参考数据库吗？

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SRA数据下载

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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时，依旧出现报错现象，无法索引，怎么办

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在对bam文件进行排序时，因为参考基因组太长，出现这两个报错，会影响后续分析嘛

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老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都无法成功构建gvcf的索引，只有CSI格式能成功索引，这个格式在后续也用不了，这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛，还是说我只能重新生成vcf文件了

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cnvpytor 不运行

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老师，在生成gbcf文件后，发现只运行了前三个染色体的，是我的代码有问题嘛？该怎么解决啊？参考基因组的fasta，fai文件都是好的，前期生成的bam文件也是好的，样品是四倍体，参考基因组是异源四倍体

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老师您好，我在参考基因组建立索引时，系统报错说有1700个基因区域没有ORF，但是我的参考基因组和注释文件都是从文献链接里下载的，不知是否会影响我的后续关于群体进化的分析呢？

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根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤

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10 群体遗传分析中iqtree构建系统进化树出现警告和错误

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genome

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怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200份数据

  • Max 2024-12-19 17:16