tgsgapcloser 如何控制minimap占用的内存

tgsgapcloser --thread 15 --min_nread 3 --min_match 2000 --scaff ../genome.final.fa --reads ../ont.fasta --output  ONTReads --racon /share/work/biosoft/Racon/latest/build/bin/racon

占用了800个G的运行内存,内存不够,自动退出了,怎么设置参数控制内存吗

请先 登录 后评论

1 个回答

Ti Amo

一般内存不够推出都是在minimap2这个地方,可以设置minimap2的比对参数。可以增减--minmap_arg '-f 0.1',-f的意思是通过移除高频出现的重复性 minimizer(最小哈希值),来减少重复序列对计算过程的干扰

请先 登录 后评论