正常情况下，是会输出文件supergene.phy的。
如果你是使用自己的vcf文件的话（因为课程提供的案例vcf.gz文件是比较小的，我试过没有问题），有几种方案你可以尝试一下：
1. -Xmx5G参数改成 -Xmx25G（如果你使用自己的比较大的vcf文件，这个参数的更改非常重要）
2.服务器或者本地电脑自己下载tassel工具，同时不用打开镜像，使用自己本地部署的tassel再试试上边的命令，排除是镜像的问题（但大概率不会是镜像的问题），服务器可以直接使用conda去下载tassel工具。
3.换个vcf.gz文件再试试，排除是文件本身出的问题。