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lefse分析细节

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CAZy注释阶段，hmmer的太慢占用cpu只有一直很少

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10 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 11:03
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想咨询一下老师，这个图大概是咋做出来的，应该用到什么样格式的数据，在网上没搜到教程，主要是需要什么数据，谢谢老师

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对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

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组装后的cds.fa文件进行Kegg注释

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老师我在解压eggnog.db.gz文件时显示失败

  • Oho 2025-03-08 09:57
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想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进行

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课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法的设置原因吗？

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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请问我想注释出碳氮磷硫功能基因及丰度，有什么教程吗

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宏基因组数据预处理问题

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想咨询一下各位老师，宏基因组注释的时候，我有总共160G的土壤宏基因组数据(21个样本)

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在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

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基因注释后进行β多样性分析时报错

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5 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

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请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

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老师 请问这个运行时需要很久吗，上面显示的需要7天

  • Oho 2025-03-08 15:13
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老师您好，我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息，没有alpha_diversity.py这个文件，校验了下提供的代码确实没有，售后老师说可能是软件自带的，请问这种情况改如何解决？alpha_diversity.py，beta_diversity_through_plots.py，make_2d_plots.py，nmds.py，upgma_cluster.py这些都没有

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宏基因组基因定量salmon