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老师好，在基因家族分析circos制图时，老师的文件是拟南芥的5条染色体，我的物种有9条染色体，请问这个文件需要怎么修改？

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基因家族课堂中circos美化图片课程中，有一个colline_v2.pl，请问下这个脚本在哪？我从第一节课看到后面都没找到。

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需要确认的基因家族结构域的序列太长，PFAM数据库中手动确认结构域时，被提示序列太长，不能搜索，怎么办

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5 手动确认NBS结构域时，在SMRT确认的含NBS结构域的基因数目与已发表文献中的不符

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10 请问老师，我看基因家族分析视频中基因定位染色体用的拟南芥的DNA文件，我做的植物,没有DNA这个文件，可以用其他文件做吗？

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基因家族文章里的转录组数据有什么要求

  • 2019-05-16 23:46
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5 比较基因组绘图时报错

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5 circos基因加倍分析最后一步报错

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在分析基因上游顺势元件时出现这个报错信息时，怎么办

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我在做进化树的时候，在mega中找不到我做进化树的文件

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5 老师，我在基因家族鉴定时，用新生成的hmm文件做hmmsearch时，报TC bit thresholds unavailable on model domain的错误。最开始以为是e值太高1e-5,但我后面改为1e-10还是报这个错误。请问老师是什么原因呢？

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老师您好，我在做自己研究的物种(物种)中，做基因组内的串联重复和片段复制，结果发现没有任何串联重复和片段复制的基因，这种现象正常吗？我用的是咱们基因家族分析课程里的方法，运行过程应该没有问题，也没有报错

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如何选取拥有多个isoform的基因的蛋白序列来构建进化树？

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你好，请问做顺势作用元件分析时，小麦分染色体提取时，怎么每条染色体都只提取了一条序列，谢谢老师，可是我内存分配了11个G，应该不是内存不够吧

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如何确定ORF的长度

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5 老师请问gff文件提前mRNA的id不是数字，是字母，是不是脚本需要换？

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你好，请问做顺势作用元件分析时，小麦分染色体提取时，怎么每条染色体都只提取了一条序列，谢谢老师

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5 MCSCAN

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5 我用MCScanX做共线性分析，染色体出现重叠现象，请问MCScanX做共线性分析限制染色体条数吗，我有22条染色体

  • 2019-05-05 08:51
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老师您好，请问用MEME分析Motif时，生成的motif的logo图片中，纵坐标的Bits是什么意思，是怎样计算出来的？