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10 求助，如何获取基因与mRNA的对应关系？

  • TonY 2019-05-23 16:16
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5 用hmmer提取物种结构域时,结构域文件是空的

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hmmer网站搜索蛋白序列中的结构域，得到几个domain，但是序列范围重叠。

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请问有没有鉴定CC结构域的paircoil2的脚本或者什么方法鉴定CC结构域

  • 2019-05-23 09:29
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在基因家族分析构建时出现没有共同的位点的现象，构建不了进化树

  • 2019-05-21 22:01
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在计算KaKS时，发现分别有两个基因出现BUG,not squal,然后换成phy，不能转换成axt和转换后在计算时依然出现not equal的现象求解，结果文件肯定也是空的

  • 2019-05-21 21:25
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5 请问一下，自己找关于基因家族分析的课题有什么注意事项，找家族基因有什么要求？怎样防止和别的文章研究的家族基因相同？

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老师好，在基因家族分析circos制图时，老师的文件是拟南芥的5条染色体，我的物种有9条染色体，请问这个文件需要怎么修改？

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基因家族课堂中circos美化图片课程中，有一个colline_v2.pl，请问下这个脚本在哪？我从第一节课看到后面都没找到。

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需要确认的基因家族结构域的序列太长，PFAM数据库中手动确认结构域时，被提示序列太长，不能搜索，怎么办

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5 手动确认NBS结构域时，在SMRT确认的含NBS结构域的基因数目与已发表文献中的不符

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10 请问老师，我看基因家族分析视频中基因定位染色体用的拟南芥的DNA文件，我做的植物,没有DNA这个文件，可以用其他文件做吗？

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基因家族文章里的转录组数据有什么要求

  • 2019-05-16 23:46
1 解决

5 比较基因组绘图时报错

4 解决

5 circos基因加倍分析最后一步报错

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在分析基因上游顺势元件时出现这个报错信息时，怎么办

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我在做进化树的时候，在mega中找不到我做进化树的文件

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5 老师，我在基因家族鉴定时，用新生成的hmm文件做hmmsearch时，报TC bit thresholds unavailable on model domain的错误。最开始以为是e值太高1e-5,但我后面改为1e-10还是报这个错误。请问老师是什么原因呢？

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老师您好，我在做自己研究的物种(物种)中，做基因组内的串联重复和片段复制，结果发现没有任何串联重复和片段复制的基因，这种现象正常吗？我用的是咱们基因家族分析课程里的方法，运行过程应该没有问题，也没有报错

1 解决

如何选取拥有多个isoform的基因的蛋白序列来构建进化树？