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请问一下用circos画基因组共线性图时，genome.blocklink.txt这个文件是怎么来的呀（和MADS.link.txt一样吗）？

  • yige 2019-03-14 16:59
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我在文献中读到这么一段话，是关于某一基因家族在某植物各个组织器官中表达的，请老师帮我看看这是怎么做的

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5 磷酸转运蛋白家族（PHT1）在Pfam上关键字搜不到pfam 号，在文章中也没有提到，请问这个家族有隐马尔可夫模型么？

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基因家族后续实验部分，我看您提到说做转录组绘制热图，再筛选一些基因做qPCR，可是老师您说的转录组就是那个送公司要花一些钱做的那个转录组数据吗？如果是那个会不会成本太高了，我看大部分文献里只做qPCR

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关于如何确定segmental duplication events

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我想问一下基因家族分析后续实验添加部分，只做一种胁迫处理，然后做qPCR，看每个基因的表达量，这样补这个实验部分可以发sci吗？因为我发现一般基因家族分析文章至少都会做两种处理然后看基因表达量

3 解决

5 我今天使用OrthoMCL的第5步（处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt果-），出现了这样的问题，不知道怎么解决

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基因家族分析后期验证只用自己的转录组数据可以吗，不做荧光定量

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5 老师，请问一下为什么提取基因在染色体上的位置时，查看gene_chr.txt是空的，位置信息没有被提取出来呢？我看我的gff3文件中，gene后面对应的并不是我提取出来的基因的id，图中画出来的。请问是这个原因吗？要怎么解决？

  • 2019-03-12 15:19
1 解决

基因家族鉴定完后，如何做基因表达？

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我在NCBI上下载的CDS数据，在进行提取基因家族的CDS序列时，提取不出来

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PATL基因家族如何进行鉴定

  • 2019-03-11 09:36
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我在做基因结构分析时，运行完脚本后只出现了mRNA的信息，没有外显子和CDS的信息，请问是为什么？下面的图是我的gff文件和运行脚本后的文件

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进化树

  • 2019-03-05 16:33
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5 关于cd-hit这个去冗余工具参数的一些疑惑

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5 MapChart

2 解决

15 蛋白结构域完整性的验证

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5 请问我该怎么去知道我想做的基因家族分析之前有没有人做过，能给点思路吗？

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5 figtree编辑美化进化树的时候bootstrap值怎么是小数呢？

  • 2019-02-28 17:31
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有关基因家族鉴定学习课程的问题：在利用hmmer软件鉴定基因家族成员的过程中，domain脚本运用时需要输入的域值是一定的吗？不是的话是怎么设定呢？（讲解的课程上是1e-20）那之后的将最终生成的txt文件数据复制在表格中进行筛选的域值 （拟南芥筛选的是0.01）跟之前的设定域值有关系吗？