GFF3

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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泛基因家族分析，提取CDS序列结果如图所示，并且文件大小只有38KB，是不是这个基因组就不能用了

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请问这里我有什么错误吗，怎么出来的不一样

  • 李 2023-08-22 12:16:18
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老师您好，利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行，和老师讲的格式完全不一样，如下图，我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗？不知道该怎么解决了，请求老师指点一下

  • Jc 2021-12-14 21:08:45
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对于已经公布基因组的物种，如何制备染色体水平的GFF3文件？因为平台上不公布。

  • Weisj 2021-08-26 16:23:45

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