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8 KA/KS计算得到的串联重复基因对与Circos图不一致

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保守结构域

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问一下老师们，提取成对基因的时候得到结果文件总是为空是什么原因，下面是我的输入文件perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 WRKY_cds_confirmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out就是这条命令。

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5 用hmmer search搜索基因家族的时候，怎么也找不到结构域。怎么办，序列和代码都是对的。

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老师，用视频教的方法用linux系统查找复制基因的时候，得到了duplication_gene.out文件，但是里边的成对基因不在同一染色体上，请问是我分析出了问题，还是它不属于串联重复基因，属于片段重复？下面这是操作过程我用到的文件：先进行了AABB30-cds的blast比对，得到图1的out文件，然后用了图3的程序，得到复制基因的，请问老师，这个是怎么回事

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用pfam搜到的基因构建进化树报错

  • LWX 2020-10-08 14:21
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老师，请问，用Evolview美化进化树时，在添加background colors for leaf labels，提示error: error: at least one valid colorset data should be given; data not upload/ updated是什么原因呢

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老师，您好，想问一下Evolview美化进化树怎么显示进化树标尺

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mcscanx基因组间共线性分析报错，确认文件没有问题，那是什么原因呢？求教

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5 单个物种的单个基因的kaks怎么计算

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请问mcscanx做基因组间分析时，有以下报错是什么原因呢？是因为Python环境不到位

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构建完新的hmm文件之后，出现这个报错，是什么原因啊，到咱们论坛上面找过了，但是没有好的解决方法

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请问做circose图时以下报错是怎么回事？求教

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请问在做 圈图 的时候有以下报错是怎么回事呀？谢谢大佬解答

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请问一下做共线性分析时，结果说共线性区块数为 零，但是总基因数有上万条，这正常吗

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这种问题要怎么知道哪两个基因不成对呢？

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共线性脚本报错了，请求帮助！谢谢

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老师您好，我想请问在进行kaks分析时clustalw比对出现下面的问题怎么解决啊？

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请问最新版本的虚拟机上的biosoft文件夹在哪呀？/biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT这个路径报错了，mcscan应该是虚拟机上已经安装好的吧

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两个基因组间的共线性