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老师您好，我想问一下 circos 绘图过程中 pairs 文件是怎么生成的呀，今年买的课，17课时circos图配置文件整理，只讲了文件中的内容，但是没有讲这个文件是怎么获得的。

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除了串联复制可以看出来哪些基因是片段复制和全基因组复制吗？怎么分析呢？求教，谢谢

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老师好，我发现了29条家族序列，但是串联复制只有两组，这能说明家族扩增的主要方式是串联复制吗？

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mRNAid_to_geneid.pl出现错误，结果文件只有一行

  • 2020-10-20 12:51
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GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

  • 荣 2020-10-20 12:33
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计算复制基因kaks not equal

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计算复制基因kaks

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MCScanX共线性分析，结果为0

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MCSCANX共线性图代码报错

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15 基因家族分析有没有推荐的审稿人？

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5 两个基因是片段重复基因对，序列完全一致，但是KA/KS值为NA

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相同的序列文件，我跑总是跑不起，别人都能跑起，每次跑都会弹出下图的警告，老师，您看我是哪出了问题

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MCScan(jcvi) 生成anchors文件大小为0怎么办？确认配置文件没有问题

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3 按照视频上操作的，为什么这个会报错，不能运行啊

  • 2020-10-13 11:09
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8 KA/KS计算得到的串联重复基因对与Circos图不一致

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保守结构域

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问一下老师们，提取成对基因的时候得到结果文件总是为空是什么原因，下面是我的输入文件perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 WRKY_cds_confirmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out就是这条命令。

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5 用hmmer search搜索基因家族的时候，怎么也找不到结构域。怎么办，序列和代码都是对的。

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老师，用视频教的方法用linux系统查找复制基因的时候，得到了duplication_gene.out文件，但是里边的成对基因不在同一染色体上，请问是我分析出了问题，还是它不属于串联重复基因，属于片段重复？下面这是操作过程我用到的文件：先进行了AABB30-cds的blast比对，得到图1的out文件，然后用了图3的程序，得到复制基因的，请问老师，这个是怎么回事

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用pfam搜到的基因构建进化树报错

  • LWX 2020-10-08 14:21