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基因组间共线性分析

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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植物的MADS-box基因家族

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老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致，虽然用的都是70%同源性。这合理吗？如果用KAKS计算出的基因对做circos圈图合理吗？

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老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

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计算串联重复时，满足两个大于75的标准，但是不在一条染色体上，也不属于片段重复（MCscanx结果显示）。请问这种情况属于什么重复方式？

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5 物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些？

1 解决

10 s

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老师，请问在进行共线性分析时，出现ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.是什么原因呀？

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老师您好，有个基因家族鉴定分析的问题想咨询您

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基因与mRNA的对应关系（两个，一个mRNAid_to_geneid，一个geneid2mRNAid），两个文件一般都是相等，那不相等的话意味着什么呢？

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怎么在linux服务器上安装bioperl，以及Bio：SeqID 模块，非root权限

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Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何安装，或者能够在服务器上运行的脚本

  • 2020-12-09 21:29
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在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题，请问怎么解决

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10 http://peppersequence.genomics.cn/

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共线性分析得出的基因对可以用于kaks分析吗？还是只有串联重复的基因对才可以用于kaks分析啊？

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motif分析中出现错误

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3 共线性绘图报错。看了别人的帖子解决不了 ZeroDivisionError: float division by zero

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提取结构域序列

  • 荣 2020-11-28 15:33