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我在做MCScanX做共线性分析的时候，提取蛋白的文件，出现下面的错误，说是脚本的13行有误，请问怎么修改

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因为现在安装的blast+的版本太高，所以里面没有blastall这个，那基因家族分析中共线性分析的下面这个用到的命令，怎么修改成blastp或者blastn的脚本方式

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5 想请教各位老师在串联重复分析时有碰到类似的情况吗？初次接触不知道该如何调整是好。

  • 2021-02-01 13:31
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请问老师有Mcscan分析时用到的get_gene_position.pl文件吗

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5 求蛋白家族的进化聚类分析详细方案

  • 2021-02-01 00:03
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20 请问老师有Mcscan分析时用到的get_gene_position.pl文件吗

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MEME就运行脚本的时候，其中的maxsize 指最大输入文件的字符数，maximum dataset size in characters，这个是指多少b吗，6000000是指文件最大6M，单位是什么？时间的最大值单位是秒吧？，motif的个数最小长度一般是多少？有什么参考的吗，最大长度是多少，这个长度的单位是什么，多少b，还是多少kb？

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docker Hub中的bio-linux镜像和 gene family 镜像有什么区别

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老师您好，我在做mcscanx共线性分析基因家族加倍实操课程时，安装mcscanx报错

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基因家族结构域及基因家族长度问题

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5 请问MEME软件如何确定motif个数？？应该设置几个呢？查文献查不到，没有这个物种

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5 基于转录组做了基因家族分析，结果基因组出来了，数据未公布，这个还可以再用吗？

  • 2021-01-19 02:25
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老师你好，我在紫花苜蓿的全基因组数据库中通过Blast比对得到76个WOX家族基因，这76个基因的序列都是不同的，但有的很相似，可能是同源基因，用不用去冗余

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老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

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提取蛋白序列报错

  • 荣 2021-01-13 21:26
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在基因家族分析过程中，确定结构域的时候发现一个算是该基因超家族但不是该基因家族的成员，那这个算是该基因家族的成员吗

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老师好，想问下将蛋白质序列提交的MEME在线软件后，几天后为什么没有结果啊?显示工作已完成，却没有结果，谢谢

  • ljx 2021-01-11 12:46
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5 基因家族分析

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比较基因组学分析时报错，无法生成 anchors文件

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脚本参数--minsize=0 --minspan=30