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基因家族分析：当GFF文件中首行不是所在的染色体而是一个个基因的GFF文件，这种怎么找对应关系啊，或者怎么整成有染色体的

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sudo perl detect_collinearity_within_gene_families.pl -i /home/manager/share/mcscan/MADS_box_family.txt -d /home/manager/share/mcscan/mcscan/AT.collinea这个命令运行后导出的文件是空的，而且我的图好像没有红色线

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为什么我用meme程序出来，作图时发现其中有一个没有motif呢，已经反复确认不是误删原因.

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PLANTCARE分析时报错 该如何解决？

  • ollo 2021-04-15 23:44
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老师，我在做进化树的时候把空白的gap部分删除掉了，咋还出不来，该如何解决

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请问老师在blastall的m8结果文件中，出现了重复的现象，是怎么回事？

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老师好，请问docker镜像里的meme是哪个版本啊，谢谢

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老师，你好，我看基因家族分析那个课，找不到TBtools的安装包啊。网上找的没有您课件展示的提取motif分析结果的那个功能，麻烦您能再分享下您的TBtools的安装包吗？

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基因家族分析circos时显示基因基因数目超出最大值怎么办

  • ollo 2021-04-11 17:21
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基因家族分析-基因组内共线性

  • ollo 2021-04-11 13:07
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请问建树的时候出现这种问题怎么解决？谢谢老师

  • 2021-04-10 09:29
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docker镜像和bio-linux镜像运行meme是出来的结果motif是否有差别？谢谢老师

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老师，这个图正常吗，两个基因同一个motif

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在获取染色体的长度信息的时候samtools faidx一直运行不出来，是为什么？

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输入脚本后报错，python mcscan jcvi 共线性分析报错:ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

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最后绘图的时候输入文件后报错，什么原因

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我遇到了相同的问题，我用的就是组学大讲堂的biolinux，不知道怎么办，输入的脚本什么的都是正确的，不知道怎么解决

  • 2021-04-05 22:32
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20 tbtools

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老师，请问我这个mscsan后出来的结果为什么是0呀？HV.gff和HV.blast文件截图大概内容是后面两个图。

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您好老师，请问绘制circos绘出的图，只有这些，请问是怎么回事？