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SV与家族基因的保守结构域分析
有可能结构变异未影响基因的保守结构域。也可以做一下其它比较多变异数据的基因组的保守结构域分析。可以定位到基因组具体发生结构变异的家族成员序列上，看基因序列与未变异的基因序列之间的差异
回答于 12小时前
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泛基因家族-进化树
仔细观察进化树，其实WRKY49是进化支最外侧的分支。加上WRKY12，这种情况会默认范围会包含里侧全部分支。针对这种分支，可以设置WRKY12~WRKY86一组，WRKY49单独一组，其它颜色参数一致就行
回答于 2025-10-31 16:48
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RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时...
gff文件中缺少基因gene注释信息行，导致gtf文件不标准，出现报错KeyError: 'gene_id'，使得后续无法获取gene_length.txt文件。可以重新找一个存在gene注释信息的基因组。也可以人为添加上相关信息，参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/2081
回答于 2025-10-30 10:52
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泛基因家族转录表达
1.不需要格式一致，可以通过其它方式得到基因组的转录因子基因相关注释结果。只需要最终生成转录因子基因的表达量文件TF_fpkm.xls和转录因子基因类型文件meta.tt 就可以2.All.DEG_final.xls是在指定差异分组样本中具有显著差异的差异基因表达量文件
回答于 2025-10-28 16:38