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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa....
软连接后面白字红底标记，表示没有设置成功，看你检查一下源文件是存在的。那应该是id.txt文件中每行品系拉丁名后存在非法字符（例如空格）。检查一下id.txt文件
回答于 3天前
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泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令...
这个env.sh文件中带#的行是不需要改动的，也是不需要去定义这个变量的。没有带#的行是需要根据自己的物种进行更改的
回答于 3天前
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存在缺失分析
在准备存在缺失热图的输入文件时，将生成PAV_draw.list文件的步骤中-unigenel ALL.genefam.uniq.list文件改为空文件即可。 如果是绘制系统发育树过程中，可以将刚才新得到的PAV_gene.list生成新Fam_gene.list，再接着分析就行
回答于 2025-09-09 18:42
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老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只...
是的，不同品系间的基因表达量分析，最好选取同一处理下相同组织的样本。2. 如果想用一个品种作物参考基因组去定性定量其它品种的rnaseq数据，要先确认品种间亲缘关系近，参考基因注释好，如果其它品种的reads比对到参考基因组上的map比对率过低的话，就要慎重考虑最终定量结果可靠性
回答于 2025-09-08 11:18
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HISAT2比对时报错|sam文件为空白，summary文件为(ERR): hisat2-a...
可用存储挺多的，但HISAT2比对过程对内存需求较高，也跟物种索引文件大小有关。可以在运行任务时通过top命令实时监控"%MEM"（进程内存占用占系统总内存的百分比）。
回答于 2025-08-27 15:33
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