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189 个回答

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hmmsearch运行时异常终止

检查一下输入文件的格式或内容是否正确,可以参考示例数据的文件格式。

回答于 4天前

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泛基因家族分析,核心基因等数量统计

课程中存在缺失分析中用到的泛基因数据集,是通过基因序列相似性和共线性区域关联 得到的。

回答于 2026-01-04 16:44

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泛基因家族做完PAV分析后,发现有的物种没有任何一个基因

先检查一下绘图的输入文件中这些品系是否数据正常。输入文件中这些品系在那些家族基因中有同源基因

回答于 2025-12-27 21:21

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SV与家族基因的保守结构域分析

有可能结构变异未影响基因的保守结构域。也可以做一下其它比较多变异数据的基因组的保守结构域分析。可以定位到基因组具体发生结构变异的家族成员序列上,看基因序列与未变异的基因序列之间的差异

回答于 2025-12-03 17:25

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关于保守结构域选择几个的问题

这个要先确认基因家族的结构域特点,可以看相关文献中鉴定结果的筛选标准。

回答于 2025-11-20 17:59

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泛基因家族分析之基因家族成员选择压力分析

镜像和脚本是配套的,不用在容器里面更改R包。可以检查一下镜像和脚本,重新开一个容器运行尝试一

回答于 2025-11-16 08:47

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泛基因家族-进化树

仔细观察进化树,其实WRKY49是进化支最外侧的分支。加上WRKY12,这种情况会默认范围会包含里侧全部分支。针对这种分支,可以设置WRKY12~WRKY86一组,WRKY49单独一组,其它颜色参数一致就行

回答于 2025-10-31 16:48

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泛基因家族-PAV

用ggplot2包绘图

回答于 2025-10-31 10:14

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RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ,运行建立基因组索引命令时...

gff文件中缺少基因gene注释信息行,导致gtf文件不标准,出现报错KeyError: 'gene_id',使得后续无法获取gene_length.txt文件。可以重新找一个存在gene注释信息的基因组。也可以人为添加上相关信息,参考笔记:https://www.omicsclass.com/article/2081

回答于 2025-10-30 10:52

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泛基因家族分析-互作图

检查输入文件,两个表达量文件的样本是否一致

回答于 2025-10-29 15:12