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代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部...
无论是下载下来的该物种的全部代谢物，还是公司检出的，只要是识别到有ko号的，都可以放进来。 还有最终会生成富集分析结果表07.KEGG_enrichment_result.csv，里面有P值、矫正后的q值。一般P值就可以，如果想在绘图中展示q阈值结果，可以简单修改一下脚本。
回答于 3小时前
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老师您好，我在提取cds的时候报错了。他说第84行出错，然后我打...
报错说 gff3_file_to_proteins.pl 脚本第84行的报错提示。根据Error, no sequence for Chr1的报错，可能是 $genome 变量下的Chr1染色体有问题，仔细检查一下
回答于 2025-04-17 15:02
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根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转...
seqkit grep 命令是 根据-f 选项文件中的 ID 提取序列。ID不一致不会提取出来，ID必须一致。
回答于 2025-04-17 13:54
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文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的...
这个，去数据库网站尝试一下下载。https://www.omicsclass.com/article/525
回答于 2025-04-15 21:40
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A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有...
同一个基因家族的成员之间构建蛋白全长进化树一般都会成功的。不过结构域进化树更能表达出基因之间的相似度
回答于 2025-04-13 19:15
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代谢组进行差异代谢物筛选时，必须对t检验的p值进行fdr矫正吗？...
如果不想对P值进行方法矫正的话，可以在运行脚本04.DEManalysis.R时， -a选项选择 none参数。这样-q选项是对pvalue值进行筛选
回答于 2025-04-07 09:38
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