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泛基因家族分析
先手动检查一下apple.WRKYgene.list中的基因ID是不是全部在15apple.pan-genes.list文件中出现，能被搜索到，是不是文件内容或者格式有问题，
回答于 2025-08-01 15:10
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泛基因家族分析
第一个问题：项目结果文件有个readme文件，里面有每个文件的说明：表格pangene_list.tsv每一行是一个基因，及其对应不同基因组的基因ID，每一列是一个基因组。第二个问题：后续用来做泛基因家族分析需要用到的文件是*.gene.pair，该文件仅保留了有共线性关系的最佳匹配基因对。需要整理成后续脚本需要的格式。shell中的26Pa...
回答于 2025-07-28 10:16
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结构变异与保守结构域分析
绘制完整的保守motif图可以参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/67。将motif分析得到的xml格式文件上传到绘图软件得到结果。构建泛基因集列表时，需要用到参考基因组，具体步骤参考示例代码进行。具体核心基因少的问题，可以检查一下之前分析
回答于 2025-07-25 14:32
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泛基因家族系统发育树
示例结果图只是举例，如果进行颜色美化一般所有枝都会上颜色。具体进化树亚类划分，要看进化树最后分支情况，也可以参考该基因家族的相关文献中亚类和亚类功能作为参考。单纯颜色美化的话，可以将图中没有颜色，比较散的几个分支划分到同一个颜色中，例如下图中蓝色部分G6
回答于 2025-07-25 09:55
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