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进化树制作，背景我设定的只是一段，为什么提交之后全部基因都有...
重点看一下GmNRNMP3b的分支，在最外群。选定这个支就是对全局进化支进行设置。这种情况下，可以单独设置GmNRNMP3b的分支，再设置其它分支
回答于 2025-05-11 12:38
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运行MCScanX查找共线性，java绘图出现错误为什么？
参考这个问题下的回答，https://www.omicsclass.com/question/7871 把ctl文件中的内容截图发一下。或者检查一下自己其它文件内容。应该是文件问题
回答于 2025-05-11 12:33
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The CDS sequences do not match the gene sequences.
应该是文件内容有问题，可以看一下这个软件的示例文件怎么准备的
回答于 2025-05-06 09:17
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共线性分析java绘图这里报错怎么回事
#查看物种染色体 echo "800 1,2,3,4,5" >Arabidopsis_thaliana.circle.ctl 这步中应该是自己基因组的染色体ID
回答于 2025-05-04 14:21
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代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部...
无论是下载下来的该物种的全部代谢物，还是公司检出的，只要是识别到有ko号的，都可以放进来。 还有最终会生成富集分析结果表07.KEGG_enrichment_result.csv，里面有P值、矫正后的q值。一般P值就可以，如果想在绘图中展示q阈值结果，可以简单修改一下脚本。
回答于 2025-04-30 09:42