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泛基因家族分析
这个看泛基因组数据文章有没有提供相关数据下载链接，没有的话只能自己去测所有相关品系样本的表达量。没有这部分数据的话这步是做不了的。但其它分析都是可以做的
回答于 2025-09-22 16:58
在基因家族筛过程CD-searcch结果中如果显示结构域N端C端或者NC端...
如果在CDD中结构不完整，可以看一下在hmmsearch或其它interpro\smart数据库中是不是能搜索到完整结构域。对于长度缺失严重的结构域结果，需要删除。但不同的基因家族它的删选条件不一样，有的基因家族会根据NC端的缺失划分为不同亚家族，这个要看具体的基因家族
回答于 2025-09-19 09:19
泛基因家族分析，系统发育树构建
这里建议用全部的家族基因，包括私有基因去构树，更能说明泛基因家族的生物学问题。至于进化树分支分组，可以去参考该物种的GRAS家族分析文献
回答于 2025-09-17 10:20
执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa....
软连接后面白字红底标记，表示没有设置成功，看你检查一下源文件是存在的。那应该是id.txt文件中每行品系拉丁名后存在非法字符（例如空格）。检查一下id.txt文件
回答于 2025-09-15 16:09
泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令...
这个env.sh文件中带#的行是不需要改动的，也是不需要去定义这个变量的。没有带#的行是需要根据自己的物种进行更改的
回答于 2025-09-15 10:49
存在缺失分析
在准备存在缺失热图的输入文件时，将生成PAV_draw.list文件的步骤中-unigenel ALL.genefam.uniq.list文件改为空文件即可。 如果是绘制系统发育树过程中，可以将刚才新得到的PAV_gene.list生成新Fam_gene.list，再接着分析就行
回答于 2025-09-09 18:42
老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只...
是的，不同品系间的基因表达量分析，最好选取同一处理下相同组织的样本。2. 如果想用一个品种作物参考基因组去定性定量其它品种的rnaseq数据，要先确认品种间亲缘关系近，参考基因注释好，如果其它品种的reads比对到参考基因组上的map比对率过低的话，就要慎重考虑最终定量结果可靠性
回答于 2025-09-08 11:18