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老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问...
你用示例数据运行这行代码用作检查，代码应该是没有问题的。 手动生成bed结果文件“xx.hmmerOut.final.txt从服务器下载到本地，删除带#的行，然后筛选第10列=1的行，最后将第1、18、19列提取出来，手动保存成${ind}.domain_final.bed”。总之就是按照domain_final.bed的文件格式去处理xx.hmmerOut.final.txt 文件
回答于 2025-06-23 09:52
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蛋白3D结构预测
psiblast -h 查看工具的帮助文档，里面的num_iterations 增加迭代次数，例如为5。max_target_seqs 限制迭代中用于更新 PSSM 的序列数，可以增加，例如为50、100.
回答于 2025-06-19 14:24
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老师，这是我做提取可靠基因家族成员的结构域序列用到的文件和代...
一步一步结果检查：先看${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt 文件内容是否正确
回答于 2025-06-13 10:46
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老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且...
不太清楚你说有错误的文件是做哪步分析得到的结果文件有错误。你是基因家族成员鉴定之后提取domain序列的时候出现问题的吗？是运行那行代码有问题的？可以把运行的代码和代码用到的文件截图出来。
回答于 2025-06-12 09:23
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蛋白3D结构预测
psi-blast有的蛋白序列没有结果可以修改参数重新运行，或者用swiss-model找模板预测结构。 有时候网络问题运行py脚本得不到模板文件，可以直接去pdb数据库下载对应模板
回答于 2025-06-11 09:19