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请问，在基因组中提取包括UTR，CDS的基因序列，命令咋写？使得提...
基因家族镜像里面安装了agat_sp_extract_sequences.pl 工具。使用命令行“agat_sp_extract_sequences.pl --gff Arabidopsis_thaliana.longest_isoform.gff3 --fasta Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa --output genes_with_utr.fa -t exon --merge” 可以提取所有转录本的外显子序列（cds+utr） 然后根据基因家族...
回答于 2025-07-21 09:37
老师，在做蛋白预测的时候总是显示desired structure doesnot ex...
可能网络不太好。下载不下来这个文件。可以自己去PDB数据库搜索下载对应6ir8的pdb格式文件
回答于 2025-07-15 14:07
想获得某个染色体序列，命令是啥？
根据输入的reg.bed文件内容提取对应固定区域（region）序列:seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 准备bed文件：[基因所在染色体 基因起始位置 基因终止位置] 参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/2190
回答于 2025-07-14 09:20
老师，我的Fam_gene.list、PAV_draw.list、PAV_gene.list都正常...
你的数据文件里面是不是除了这2个PHY基因外，都是核心PHY基因。绘图脚本会“移除在所有品系里面都存在基因的行”。你如果想将这种情况的结果也绘制出来的话，就需要改脚本。将PAV_heatmap.r中第62行首添加“#”号注释掉该行。再去运行。
回答于 2025-07-07 15:24
序列相似的家族基因如何设计荧光定量引物？
按照引物设计流程直接设计就行。手动引物设计推荐网站：https://www.omicsclass.com/question/297
回答于 2025-07-07 09:39
老师，这是我做出来的PAV热图，每个基因都是物种独有的，这个PAV...
确实结果不好，可以再check一下前面步骤和泛基因列表步骤，是不是有什么问题导致的没有同源基因
回答于 2025-07-05 19:21