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181 个回答

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泛基因家族分析-SV和表达量

这个图用AI软件手动去画就行。具体变异类型可以根据基因ID去vcf里面查找,具体变异区域长度就是vcf中SVLEN参数

回答于 2025-09-29 13:26

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泛基因家族分析-SV和表达量

是根据with_SV和without_SV的平均值绘制的

回答于 2025-09-28 16:17

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泛基因家族分析-SV和表达量

这种情况可以都保留下来,继续分析

回答于 2025-09-28 14:06

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泛基因家族分析-SV和表达量

如果这3个基因是同一个品系的话是正常的。在泛基因列表文件中,这个品系中3个基因同时比对到一个泛基因ID上,这种情况可以只选择一个结果

回答于 2025-09-28 13:43

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泛基因家族分析-SV和表达量

正常,有的家族基因可能在部分品系中不存在

回答于 2025-09-28 13:41

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泛基因家族分析-SV和表达量

仍然可以选择做一下结构变异与基因结构分析。sv如果没有影响基因的表达,也有可能体现在基因结构上。可以对有sv的家族基因都做一下基因结构和motif 分析,如果其中家族基因因sv导致了结构变化,也可以为后续实验提供靶点

回答于 2025-09-28 09:48

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泛基因家族分析-SV和基因表达量

不对,文件有问题,检查一下输入文件

回答于 2025-09-28 09:11

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泛基因集执行命令时,由syn.txt文件到最后output.txt和final.las...

是正常的,泛基因集基因对筛选条件有两个,1是在syn.txt中有共线性关系;2是last.txt中相似度100的首次匹配。会对两个文件进行筛选并对结果取交集。最终得到可靠的结果output.txt。所以过程中会有结果被过滤掉

回答于 2025-09-24 21:14

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客服说泛基因组分析中26Pan-genes.list对应泛基因集分析章节中的...

后续分析用到的数据只有文件前两列。后面几列是第2列基因的相关注释信息,在后面分析中不影响也用不到

回答于 2025-09-24 15:26

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎...

关于课程里面没有的分析内容,可以咨询当初添加的课程助教老师

回答于 2025-09-24 13:19