红橙子
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测序reads数和测序碱基数之间如何换算?

Reads数=碱基数/读长;例子:如果读长pe150bp 碱基数6G,则对应的reads为20M

回答于 2019-07-12 15:12

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转录组测序可以解决的问题有哪些?

1. 可以从转录组水平整体评估外界条件引起的基因表达响应。 2. 对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有独特优势。 3. 可以发现基因融合、可变剪切及结构变异

回答于 2019-07-12 15:09

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为什么随着read延长,测序错误率呈现升高趋势?read2错误率要普...

测序时每个循环在荧光基团淬灭,去3’端保护基团时,去除不彻底,导致在延伸过程滞留,或者是加入了无3’端保护的碱基,导致延伸超前,滞留和超前造成延伸步调不同,随着循环增加,超前或滞后的累积增多,测序错误率也就随之增高;另一方面,随着测序时间延长,酶活性及试剂的有效性都会降低,因为测序是先测read1,后测read2...

回答于 2019-07-04 20:01

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为什么read1和read2前几个碱基的错误率较高?

这是因为随机引物扩增的偏好性导致的,随机引物扩增偏好使得前边一些碱基的碱基含量不平衡,因而在base-calling的时候算法不准确,导致了错误率高。

回答于 2019-07-04 19:52

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Paired-end与Single-end表示什么意思?

单端测序(Single-read):是指测序引物结合位点只连接到待测片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flowcell上形成簇,上机测序单端读取序列。 双端测序(Paired-end):是指在构建待测文库时在两端都加上测序引物结合位点,在第一轮测序完成后,去除第一轮测序的模板链,用对读测序模块引导互补链在原位置再生和扩...

回答于 2019-06-14 15:45

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转录组测序可以同时检测mRNA、miRNA及其他非编码RNA?

理论上技术是可行的,但是通常会根据测序对象长度的不同,在测序建库的时候会选择不同的片段大小,测序读长也会有不同。一般来讲,如果要进行microRNA测序的话,通常将microRNA分离出来,单独进行测序可。mRNA测序,通常建库时选择300bp大小片段,采用150PE测序。而长链非编码RNA(lncRNA)存在正向转录和反向转录,所以常...

回答于 2019-06-14 15:42

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转录因子和转录调节因子的异同

你写的应该可以理解为一个东西,但是你看看是否表述不太准确,你是不是说转录因子与转录共调控因子?转录组共调控因子:又称转录中介因子(trancriptional intermediary factors,TIF)/共调节因子(co-regulators)、 DNA 共激活因子(co-activators),是指能与转录调节因子结合,可以提高它们的转录激活。

回答于 2019-06-11 11:25

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CDNA和gDNA 的区别

​gDNA(genomic DNA,基因组DNA):是指有机体在单倍体状态下的DNA全部含量。广义的基因组也指某一体系(如核或细胞器)中的DNA,它包括编码或细胞中固有的核糖体DNA(rDNA)、线粒体DNA(mtDNA)、tRNA基因及其它RNA编码。 cDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA,是mRNA链互补的DNA链,其内部已无...

回答于 2019-06-04 22:14

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转录组结果中的log2 fold change和q-value,分别表示什么意义?

1,fold change的意思是样本间表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。2,Q-value,是P-value校正值,P值是统计差异的显著性的。Q值比P值更严格的一种统计。

回答于 2019-06-01 13:56

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我要做树木枝条的转录组,取样如何操作?

1、 将样品剪碎成长宽高均小于5mm的小块,使用2 ml或5ml灭菌EP管分装; 2、 在管盖和管壁上均标注样品编号; 3、 写上编号之后,使用封口膜或保鲜膜封口及管壁并覆盖所写标记,以避免样品运输过程中,标记磨损; 每管200-300mg左右,每个样品分装3-4管;

回答于 2019-06-01 13:46