红橙子
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重测序想要我的物种的某些基因序列,可以拿到吗?

这个问题其实困扰很多人,都以为测序就是直接把自己样品中基因全长序列都测出来,然后再去和参考基因组去比对,但是实际上不是这样的,重测序结果主要是您样品相对于参考基因组序列有哪些变异信息,鉴定变异信息考的测序产生的短的reads,是不能直接拿到你的样品中的基因的完整序列的,假如你要提取某些基因序列的话,只能...

回答于 2020-12-05 21:05

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http://peppersequence.genomics.cn/

https://solgenomics.net/organism/Capsicum_annuum/genome    这个是收录茄科作物基因组网站,你可以看看,有辣椒的。

回答于 2020-12-05 20:58

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转录组送样细胞固定

激活后液氮速冻就将细胞状态固定了,不必保持鲜活激活状态,速冻的就可以送测序了,再有问题可以私聊我。

回答于 2020-10-29 22:21

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亚细胞定位怎么看啊

问题得说清楚,看什么呢?是生信预测结果还是其他实验结果?

回答于 2020-10-29 22:17

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无参的蒙古冰草想要找到某个miRNA对应的启动子序列,怎么查找,...

启动子序列位于基因转录组起始位置前2kbp范围内,所以转录组数据中unigene中没有启动子序列信息,必须有DNA序列才可以,参考近缘物种基因组信息吧。

回答于 2020-10-29 22:16

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大家好 新手一枚 请多关照

好说好说,生信学习不是一朝一夕之功,需要长期坚持,希望你是个不愿放弃的人,加油!至于学习过程,我建议你先安装docker虚拟机,这是学习生信第一步学习链接:https://ke.qq.com/course/2202806?from=800004099#term_id=102570645;之后可以学习下:linnux基础课:linux系统入门,开启你的生信之旅吧!

回答于 2020-05-09 10:40

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插入片段长度是否能反映测序质量?

插入片段在跑胶选择出来时,其长度存在不可避免的误差,会有波动,甚至有时波动还不小,但它不能反映测序质量(这里排除meta-pair的情况)。因为测序质量并不直接受插入片段长度所影响,而是受试剂、测序芯片、光学相机、机器运行情况、实验室环境(地震、曝晒)等更加复杂的系统和外部因素所决定的。

回答于 2020-03-04 16:20

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高通量测序中经常说的插入片段是指什么?

解答该问题需要从高通量测序文库的构建说起:步骤一般如下: 利用超声或者酶切技术把从细胞中提取出来的DNA/RNA 进行打断,然后末端修复,RNA 需要反转成cDNA;电场跑胶,专业术语是凝胶电泳——DNA分子在电场里“游泳”,由于不同长度的DNA分子片段所带电量(负电荷)不同,在电场作用下,短的就跑得快长的就慢,一段时间之后不...

回答于 2020-03-04 16:18

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老师好,我下载了你们提供TBtools安装包,安装好后打开总是出现...

可以打开,不过人家设计这个软件的人更新了版本,如果联网的话就不能用了。所以你不想更新的话,就先断网,然后再打开。

回答于 2019-12-03 23:11

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转录组中count值为什么要经过标准化,计算FPKM值来表示表达量?

基因长度长或者测序数据量多的基因所得到的count值会越大,但这并不能反映该基因的表达高,而RPKM法能消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响,计算得到的基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异和不同基因间表达高低的比较。

回答于 2019-10-22 19:08