红橙子
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有参转录组数据中基因ID和转录组本IDnew转录组本ID什么关系?

有参转录组组中基因ID是来自于基因组数据中的基因名称,不同版本的基因组基因ID可能不一致,由于可变剪接的存在,所以一个基因会产生多个转录组本,对应多个转录组本ID,new转录组本是该项目新组装出来的转录组本。

回答于 2018-09-18 22:57

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有GO号,用amigo搜索GO注释,能具体点吗?

请把你的问题具体化。

回答于 2018-09-15 22:55

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如何检测鉴定植物内病毒?

检测植物内病毒有多种方法,小RNA,转录组及长链非编码均可,只要看病毒类型,感兴趣可以参考以下内容:1. https://www.omicsclass.com/article/61 2. https://www.omicsclass.com/article/34

回答于 2018-09-15 22:16

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无参物种做三代全长转录组需要注意什么?

无参物种做三代主要是组装出比较全的转录本信息,由于目前各公司推出的建库策略均不超过2个文库,甚至只建一个文库,这样检测到的转录组本有可能比较少;改善方法是混样时尽量多混几个样本或组织,以增加转录本的多样性;建库时尽量多建几个文库,建议2个以上,再是多测些数据量。

回答于 2018-09-15 22:13

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测定植物内生真菌时需要注意什么?测多少数据量合适?

测植物内生真菌时,由于扩增时用的是通用引物,所以会将植物的its取也同时扩增出来,所以需要多测些数据量,分析时过滤掉植物ITS后仍有足够数据量分析真菌,建议10万tags以上。

回答于 2018-09-06 22:19

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样品相关性不好怎么办?

一般生物学重复间样品相关性会很好,假如重复间相关性不好那说明材料本身或培养环境有较大差异,假如样品较少,一般生物学重复皮尔逊相关系数在0.85以上,应该是没太大问题的,当然这里也需要考虑组间差异,假如组间差异本身就很小,那需要生物学重复间相关性要更好才有意义,这得具体情况具体分析,你问的较为笼统,不好具...

回答于 2018-09-06 22:06

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根际微生物多样性,根部取样怎么取比较科学?

根外围土壤取样可参考文章水稻根微生物多样性PNAS文章.pdf中的取样方式,科学严谨,文中取样大致是,不可抖下但可以用蒸馏水冲下,取作根际土;蒸馏水未冲下,但用超声波可以超下来,作为根围土,根外分以上两个层次。

回答于 2018-08-28 21:34

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二代测序转录组建库时是先打断还是先扩增?

转录组建库流程是:总RNA提取 ---> polyA富集mRNA ---> 打断 ---> 随机引物反转录成cDNA ---> 末端修复、加A、加接头(该过程是PCR过程)--->稀释-cBot 成簇  ---> 测序;所以是先打断再反转扩增。

回答于 2018-08-16 18:48

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生物学重复设置是一株取三样?还是三单株每个取一个样?

生物学重复是指经过相同处理的相同样品,这些样品应属于该样品群体中的不同个体,建议生物学重复3个及以上;不建议将3个样品的RNA等量混合后测序,这样就相当于将3个样本的基因表达量取了平均值,此法相当于取了一个样本,不能反应群体生物学现象。

回答于 2018-08-16 18:44

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不同版本的基因组中基因ID会有变化吗?一样吗?

同一物种的不同版本的基因组内基因ID是会发生变化的,由于不同版本的基因注释的完善程度不一样,基因数某些基因位置都可能会发生变化,所以像转录组长链小rna等要用新版本重新分析时,所得到的基因ID也会发生变化,再分析时一定要注意!

回答于 2018-08-08 23:39