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什么是测序深度和覆盖度？
测序深度：指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为1G，测序深度为10X，那么获得的总数据量为10G；覆盖度是指测序组装出的序列占该物种整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的原因，目前测序手段还无法组装出物种的全部序列信息，而没有拼接出的区域就称为Gap。
回答于 2018-09-19 23:16
什么是Scaffold?
基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，再通过大片段文库（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。来确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
回答于 2018-09-19 23:09
de novo测序和重测序的区别？
de novo测序也叫作从头测序，不需要任何序列信息作参考，直接对某个物种基因进行测序，并利用生物信息学对其序列进行拼接组装注释等，一般对于基因组DNA而言，即物种的整个基因组；另外未被测序物种做转录组时也常被称为de novo测序，这个是针对该物种MRNA测序而言的；重测序是指被测序物种已经有过前面的de novo测序组装出...
回答于 2018-09-19 23:02
转录组测序得到的序列是基因序列吗？
首先，真核生物转录组测序测得是mRNA，也就是信使RNA，是根据真核生物成熟mRNA尾部polyA结构用磁珠富集出来的，在二代测序中需要先将mRNA随机打断，再测序，对于有参物种，会将测序得到的片段与参考基因组去比对得到变异信息或者基因表达量信息，对于无参需要先将测到的片段组装，得到一个叫做unigene库的片段集，然后以它...
回答于 2018-09-18 23:10
有参转录组数据中基因ID和转录组本IDnew转录组本ID什么关系？
有参转录组组中基因ID是来自于基因组数据中的基因名称，不同版本的基因组基因ID可能不一致，由于可变剪接的存在，所以一个基因会产生多个转录组本，对应多个转录组本ID，new转录组本是该项目新组装出来的转录组本。
回答于 2018-09-18 22:57
如何检测鉴定植物内病毒？
检测植物内病毒有多种方法，小RNA，转录组及长链非编码均可，只要看病毒类型，感兴趣可以参考以下内容：1. https://www.omicsclass.com/article/61 2. https://www.omicsclass.com/article/34
回答于 2018-09-15 22:16
无参物种做三代全长转录组需要注意什么？
无参物种做三代主要是组装出比较全的转录本信息，由于目前各公司推出的建库策略均不超过2个文库，甚至只建一个文库，这样检测到的转录组本有可能比较少；改善方法是混样时尽量多混几个样本或组织，以增加转录本的多样性；建库时尽量多建几个文库，建议2个以上，再是多测些数据量。
回答于 2018-09-15 22:13