红橙子
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Nr数据库注释结果可靠吗?

NR数据库作为NCBI主要数据库之一,库容较大,能注释到较多的基因,但注释到的基因中未验证的信息也较多,且很多基因功能描述模糊,所以,结合其他数据库注释结果综合考量更为妥当。

回答于 2019-01-08 23:04

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实时定量验证结果与转录组基因表达模式不符是什么原因造成的?

1. 用于qPCR定量检测的基因在样本中表达量偏低,Ct值偏高; 2. 用于qPCR定量检测的样本与转录组测序样本不属于同一批次; 3. 转录组测序与qPCR定量结果可能会存在不一致的情况,一般符合率在70%上下。

回答于 2019-01-08 23:01

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原核生物与真核生物在转录组测序文库构建时有什么区别?

在原核生物中,绝大部分是核糖体RNA(rRNA),mRNA只占全部RNA的1-5%,因此要测mRNA,首先必须先将mRNA纯化出来,我们都知道,原核生物并不像真核生物mRNA具有polyA的结构,因此,无法直接利用oligoT将mRNA富集出来,所以只能通过试剂盒去除total RNA中rRNA,再将剩余的mRNA进行测序。

回答于 2019-01-08 22:57

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请教一下转录组测序中基因组大小为964M 测序数据量每个样本6G 测...

一般转录组不说测序深度,你说的964M是基因组大小,是确定的,而基因表达是随着发育、环境等变化而变化的,具体表达出多少基因不是确定的数量,所以无法估算测序深度,不过你的这个基因组大小,测6G也是差不多的,当然测序数据量够不够也需要结合实验目的来评价。

回答于 2018-12-21 18:40

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找基因在染色体上的位置 用的是cdna.fa还是dna.fa

基因组DNA,即DNA.Fa.

回答于 2018-12-19 14:44

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能不能从叶片转录组结果中看看各元素的变化情况啊?比如说K,P,...

 转录组里肯定无法看元素变化情况,但可以看看比如离子转运类基因变化情况是可以的

回答于 2018-12-15 11:06

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测序策略pe150是什么意思?

PE是 paired end 的缩写,是指两端各测150bp。

回答于 2018-12-14 22:44

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在构建RIL群体时,父母本如何选择啊?例如是抗旱品种做母本,还...

一般是根据育种的角度进行选择的,如果抗旱品种只有抗性性状较好,而不抗旱的其他性状较好,则选择抗旱品种做供体也就是父本,不抗的做受体也就是母本。

回答于 2018-12-14 21:45

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有重复的情况下,做差异分析是将三个重复的表达量求均值吗?

是求均值,到需要符合log2fc>2,fdr<0.01才被记入差异基因列表!

回答于 2018-12-07 12:20

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无参转录组结果中为什么好多unigene下有多个CDS序列呢?

因为无参转录组CDS序列是预测出来的,出现一个unigene对应多个CDS是正常的,假如后续应用如克隆的话,选择最长的那一条就可以了。

回答于 2018-12-06 22:51