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老师我做比较基因组的时候，准备文件阶段时用Ensembl 下载的基因...
命令行写错了，你这个：01.prepare_data.sh: line 47: /share/work/my_demo/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl: No such file or directory 文件路径写错了，：/share/work/my_demo/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_prot...
回答于 2024-01-19 14:56
安装了JAVA环境还是打不开Gepard，这要怎么办呢
看看是不是java环境没有设置正确：https://www.omicsclass.com/article/43
回答于 2024-01-19 09:37
老师我做比较基因组的时候，准备文件阶段时用Ensembl 下载的基因...
跑的过程报错了吧，可能你电脑内存不够，导致程序没有正确跑完； docker 内存设置：https://www.omicsclass.com/article/1413
回答于 2024-01-19 09:35
老师您好，不同引物产生的扩增子数据的长度应该是不一样的，如果...
不同 引物扩增效率 检测物种数量会有不同，结果多少会有影响的。不过影响多大和自己分析的样本环境微生物组成有关，可以在后续看看beta多样性不同引物之间是否有差异检测一下；
回答于 2024-01-19 09:32
Fst染色体数量不对
一般选择top 5% 的fst作为候选区域，你把fst排序一下卡5%就得到阈值线。 你看看这个绘图有个参数过滤较小的染色体的，你重新设置一下；
回答于 2024-01-18 09:25
参数设置
1.图中的-L参数，如果有20条染色体，就需要设置为-L1 -L2...-L20吗 对的，或者用一个文件，一行一个染色体； 2.qeseq脚本中的-t 线程数和-Xmx内存数如何设置能最大利用资源，例如在超算上选择48核心有336G内存，怎么设置好呢？ GATK普通版本 多线程不支持；
回答于 2024-01-15 21:14