单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

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老师，您好！单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \

-p FindAllMarkers --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请教老师是哪里出现了问题，应该怎么解决？谢谢老师！

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-01-28 15:12

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能是marker差异基因没找到，你换个方法：DESeq2 ，降低阈值等再试试；

 2024-01-28 17:11

老师好！我尝试换方法和降低阈值后依然报相同的错误。但是我用FindMarker只统计两两Cluster之间的Marker基因时候，用的--test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25参数，就可以正常执行，想麻烦老师再看下图片报错内容，提供解决办法，谢谢老师！