5 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因,执行代码后报错

老师,您好!单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因,执行代码后(Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \

 -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 )报错,想请教老师是哪里出现了问题,应该怎么解决?谢谢老师!attachments-2024-01-4XbzFdjj65b5f4f0a3f29.png

请先 登录 后评论

2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能是marker差异基因没找到,你换个方法: 比如 wilcox,降低阈值等再试试;

attachments-2024-06-lOeEC61n666410154eaa2.png

请先 登录 后评论


老师好!我尝试换方法和降低阈值后依然报相同的错误。但是我用FindMarker只统计两两Cluster之间的Marker基因时候,用的--test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25参数,就可以正常执行,想麻烦老师再看下图片报错内容,提供解决办法,谢谢老师!attachments-2024-01-KZAeqLE565b61a1e4e403.png

请先 登录 后评论