16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备:CPU 2*40, 内存64G.  

docker设置 CPU40,内存54G

docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0


然后跑

### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库: 

qiime feature-classifier classify-sklearn \

  --i-classifier $silva_classifier \

  --i-reads ../02.feature_table/repset-seqs.qza \

  --p-reads-per-batch 20 \

  --p-n-jobs 20 \

  --o-classification taxonomy.qza

5个小时后,报错,提示内存不够attachments-2025-08-yS4GhjqP68b0fb609ddf4.png

 

我的设备如何设置参数,保证能够跑下来这个分析?

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3 个回答

zhangshi

老师给我的指导如下

按理说一个线程应该只需要1.5g左右内存,肯定跑得过去的

可能其他容器占用的内存没有释放

你可以退出去把你有的容器全姗了


docker ps -a 查看计算机里的容器

docker rm -f  [容器id] 删掉所有的容器,

然后重新启动,重新运行,把

p-n-job 改成 20

再跑就行


以后需要把你的问题整理一下挂到问答社区,涉及代码请粘贴代码及报错信息,然后在群里发布该问题链接等待回答(工作日);直接在群内提问,未提交问答社区的问题则被视为自由讨论问题!

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xun - 电路元件工程师

你的数据不是我们的示例数据吗?


我们的计算资源描述是按照我们的示例数据估计的,如果你的不是示例数据,上百个样本的,那占用的资源会多的多,没法估计了

只能再往下调
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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

在容器里面运行下面的命令查看内存:

free -h 

#查看cpu

lscpu 


内存cpu不够不要设置那么多  --p-n-jobs 20

--p-n-jobs 2 试试2个


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  • zhangshi 提出于 4天前

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