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请问转录组差异分析里的log2FC是怎么算出来的？
高通量转录组里面做差异分析，用edgeR 或者DEseq2等R包分析后，自动就有了fold change 值，不需要自己去计算。
回答于 2019-12-03 10:18
circos图画共线性图时，因为家族的基因很多有50+,如何让所有的基...
可以采用新的配置文件，将基因显示在外圈，见：https://www.omicsclass.com/article/644
回答于 2019-12-03 10:04
基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系
你的mRNA有些没有Parent 信息，所以脚本不知道你的mRNA来自于哪个gene，因此报错，你把你GFF文件都看看整理好；
回答于 2019-12-03 10:01
共线性分析 视频介绍的不详细
wget下载下来的是示例数据，你要理解文件里面放的是什么数据，视频中都有介绍； 然后把文件中的数据替换成自己的数据，最后出来的结果就是自己的； /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX 这是我们安装好的mcscanX软件的路径，最右边的/ 不要丢了。 请安装我们提供的biolinux，才有这个软件：https://www.omicsclass.com...
回答于 2019-12-02 21:35
TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时，Rstudio总...
建议换个性能好一些的电脑，内存大一些，至少8G以上吧，低于8G会很卡； 我的电脑12G内存都有些卡，如果你的电脑内存小，卡机正常的，因为数据一般几万个基因*几百上千个样品比较大；
回答于 2019-12-02 15:02
MCSCANX分析和串联重复分析
筛选串联重复基因有两种方法： 1.通过共线性的方法，mcscanX，没有条件判断，mcscanX直接给出串联重复基因结果等等信息。 2.通过blast方法判断，需要自己手动去筛选，详情参看串联重复基因定义：https://www.omicsclass.com/question/1575 两种方法任选其一进行分析； circos作图，用的是mcscanX的结果：
回答于 2019-12-02 14:28
gff文件里的geneID和CDS,蛋白质里的对不上，下载了好多版本都这...
GFF里面把gene; 还有transcript: 等删除，然后用mRNA的ID到cds或者蛋白质序列文件里面搜索一下看看能不能搜索到。多搜搜几个基因试试； 如果没有一个对应上的，你再查看基因组文件的说明，看看是不是下载错了文件；
回答于 2019-12-02 10:00