omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

0 赞同

老师，你好。在做有参转录组分析，准备的文件有基因组注释文件gt...

物种基因组注释不好的话，有可能比对率较低。再有检查一下建立的参考基因组索引是否正确，基因数量是否全。

回答于 2019-12-10 14:41

0 赞同

具体热图绘制网站见：https://www.omicsclass.com/article/792

回答于 2019-12-10 14:18

0 赞同

可以换个hmm文件再搜索一次，得到的hmmer结果文件里面的基因取下交集就可以了；

回答于 2019-12-10 14:17

0 赞同

这个分化时间，可以用kaks分析估算得到，基因家族分析课程里面有涉及这部分内容：学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-12-10 14:16

0 赞同

可以到NCBI数据库中搜索功能关键字，查找相关基因。

回答于 2019-12-10 14:15

0 赞同

检查文件： 1.检查所有输入文件的路径是否写正确； 2.检查一下所有文件的内容是否正确，因为涉及到了很多文件，文件之间的ID要对应，如基因ID，染色体ID等等，看看是不是有问题漏改了一些信息；

回答于 2019-12-06 19:22

0 赞同

建议检查一下那个基因结构域所在的序列，太短说明结构域序列不完整，你可以多截取一些序列仔细查看一下这个基因。

回答于 2019-12-05 09:51

0 赞同

可能是缺少系统补丁，参考这个：https://www.omicsclass.com/question/917 建议换个操作系统

回答于 2019-12-05 09:48

0 赞同

需要检查以下情况： 1.所有输入文件路径是否正确 2.输入文件内容查看一下，看看是否有染色体ID，基因ID在各文件之间要统一。

回答于 2019-12-05 09:46

0 赞同

不同的软件算法不一样，以最长的为准。认真的话，应该把周围的序列截下来看看是不是真的是完整的结构域，有时候基因变化大，所以有出入，需要人工复核；

回答于 2019-12-05 09:44