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pheatmap绘图报错

这两个变量也检查一下,先注释掉这个两行运行一下:逐一排查 这个变量是设置分组颜色的,如果不需要就不用设置了

回答于 2019-12-23 11:20

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基因组信息

不知道你要改成什么样子? 你可以看看例子拟南芥的GFF文件和你的对比一下缺失什么: 看你的GFF文件缺少 gene行,你应该添加上: 还有我们的脚本会读取第九列,ID和Parent信息。

回答于 2019-12-23 11:16

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circos圈图内部线不显示

这里的染色体名称要一致才行:

回答于 2019-12-23 11:14

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相关系数矩阵

可以用R语言中的p.adjust() 函数完成矫正: p.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p))p.adjust.methods# c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY",#   "fdr", "none")

回答于 2019-12-23 11:13

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在装作者提供的11g的biolinux系统的时候不能全屏显示,不能挂载...

安装我们组学大讲堂提供的biolinux虚拟机,里面安装了很多软件:https://www.omicsclass.com/article/526 no such device 可以卸载vbox重新安装老版本的vbox: https://download.virtualbox.org/virtualbox/5.2.38/VirtualBox-5.2.38-136252-Win.exe

回答于 2019-12-23 11:11

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在用脚本cirsos.pl做圈图的时候有以下错误,请问怎么解决?装的...

如果想自行安装circos软件可参考这个课程,里面有详细的安装讲解:linux系统使用 如果安装不了建议导入我们组学大讲堂提供的biolinux:https://www.omicsclass.com/article/526

回答于 2019-12-23 11:09

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IDlist

输入文件都看一下,里面的基因ID不统一你核对一下;

回答于 2019-12-20 15:58

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基因组gff文件

没有UTR信息也是可以做分析的;

回答于 2019-12-20 12:25

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老师,我在分析自己的家族搜索结构域时,我的基因组组装的蛋白序...

蛋白序列里面怎么会有点呢? 你核查一下自己的蛋白序列是否有问题

回答于 2019-12-20 10:24

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已知两个物种每条染色体基因编码的蛋白序列(4条)如何对其四条...

只有4条序列用MEGA中的clustalw多序列比对一下就好了:https://www.omicsclass.com/article/75

回答于 2019-12-20 10:22