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老师，请问一下，由于从NCBI下载的数据中的基因、蛋白和染色体名...
你可以自己编写程序去整理这些数据，perl或者python可以； 或者再看看其他地方有没有相同的基因组，ensembl 或者JGI等等，换个地方下载基因组； 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提...
回答于 2020-03-04 13:09
求助大佬，想做基因家族分析，目标物种在网上只有三个组装的基因...
建议选择组装完整的基因组，最好到染色体水平； 如果基因组上的基因蛋白序列没有，就没法做基因结构域分析了；建议选择注释完整的有GFF，cds，pep蛋白序列的参考基因组；
回答于 2020-03-04 11:17
学习有参转录组分析中遇见的问题
二代测序转录组数据自主分析 这个课程学习需要有一定的linux基础，基础薄弱可能跟不上老师的课，建议学习：linux系统使用 你这个问题需要自行安装 hisat2软件，并且把软件的安装目录添加到环境变量PATH中才行； 更多生物信息课程，建议学习： 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析...
回答于 2020-03-04 11:16
请问老师这种图用什么软件做的？将不同染色体上的同源基因用相同...
mcscanX共线性分析软件可以做： https://www.omicsclass.com/article/275
回答于 2020-03-03 21:04
TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载啊
有些参数的意义要是弄明白了就可以融汇贯通，因为老师不可能把所有的都讲到，更多功能还是要看TCGAbiolinks的官方说明文档才好： 详情看：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/download_prepare.html 这里你可以对应的改一下，应该就可以下载到你想要的数据了：
回答于 2020-03-03 09:43
TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在...
TCGA拷贝数变异数据copy number variation 下载处理的方法不一样，你不要套用表达数据的下载方法： query <-GDCquery(project = "TCGA-ACC", data.category = "Copy Number Variation", data.type = "Copy Number Segment", barcode = c( "TCGA-OR-A5KU-01A-11...
回答于 2020-03-03 09:13
$python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=...
看你的文件应该没有问题，再检查一下文件结尾是否有多余的空行，有的话删除试一下； 如果还不行，建议使用我们提供的biolinux 里面安装了python 的mcscan，怀疑你的软件安装问题； https://www.omicsclass.com/article/526 基因家族分析课程：学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
回答于 2020-03-02 20:02