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老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

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老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

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我让生物公司测一个莱甲的基因组，挂载的时候他们挂载6条染色体，但是我核型检测是13对染色体，挂13个的hic热图效果不如挂6个的图好，这种情况怎么处理呢

  • Nier 2025-09-07 10:21
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老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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ALLHIC1挂载出现问题

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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而且只有embplant_pt.K105.scaffolds.graph1.1.path_sequence.fasta，没有1.2， 这是什么问题呀

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请问一下老师，在大讲堂学习的时候用的是docker＋Linux系统，但是回来以后课题组用的是vmware虚拟机，那我怎么将docker的镜像放到vmware中呢

  • Nier 2025-09-10 12:17
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mcmctree运行很长时间

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

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客服说泛基因组分析中26Pan-genes.list对应泛基因集分析章节中的final.last.gene.pair.txt文件，但是两者之间有差异，像是缺了几列是怎么回事，如下面详述，请解答

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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在基因家族筛过程CD-searcch结果中如果显示结构域N端C端或者NC端不完整，这个序列还能留做某一基因家族成员吗

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PGGB泛基因组报错

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泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗