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借助转录组辅助基因组注释

  • _He. 2025-10-19 23:21
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使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

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老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，提取出的文件是空的，这是什么原因，请老师解惑

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在基因家族筛过程CD-searcch结果中如果显示结构域N端C端或者NC端不完整，这个序列还能留做某一基因家族成员吗

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hic挂载时，选用那个内切酶

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

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10 在做HIC PRO,如果是双酶切。 那ligation site应该怎么写

  • 2025-11-12 15:28
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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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PGGB泛基因组报错

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老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

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老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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老师您可以分享一下buildRepeatSummary.pl脚本嘛

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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deepTE.py报错

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mcmctree运行很长时间