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本地blast,查询模式物种的蛋白家族

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hmmer搜索提取结构域时出现错误

  • zhoy 2019-10-31 15:25
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老师好，有个文章中的基因家族成员列表中的Genomic locus的 BAC/PAC name与注释文件中 的基因ID名称不一致 ，我想知道这些BAC/PAC name与基因ID的区别以及怎样通过这些 BAC/PAC name找到注释文件中的对应ID名称。

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获得结构域后进行clustalw比对没有结果

  • zhoy 2019-10-30 12:18
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老师您好，这两天在ensembl上下大豆整个的注释文件之后，打开发现转录本ID不是基因名而是KRH.....这种的名字，这样的话课上给的那些文本处理脚本很多用不了请问该咋办呀。

1 解决

如何用荧光定量数据绘制热图？

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具有两个结构域的基因家族的分析

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大麦基因家族分析时，进行基因结构分析时，hmmer提不到外显子gff文件是为什么？手动可以搜到

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有个问题想请教一下大家，从数据库中下载的原始数据的gff文件，他们是怎么得到这些基因的注释信息的的，测完序后根据序列比对吗？

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您好您看我挂机了为什么还是打不开这个TXT啊

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3 Failed to open tabular per-dom output file zf-C2H2.txt for writing怎么解决

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20 老师你好，blast分析串联重复基因结果文件duplication_gene.out与MCScanX 结果文件 tandem的串联重复基因不一致怎么解释？

  • 2019-10-21 15:38
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20 在利用脚本得到重复基因的时候出现了报错open failed

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请问预测信号肽或者蛋白质亚细胞定位是用什么方法做的呢？谢谢老师

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hmmsearch的选择

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老师您好，我在作比较基因组学，麻烦您帮我看看这两个文件bed和cds有什么问题吗？因为出现AT3G10920 not in AT.bed这种问题

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gff文件中，左侧第一列中，AC. AP. Mt Pt. Syng~是什么意思，并且AC AP Mt Pt scaffold:syng~在cds pep文件中找不到对于序列

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motif功能

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circos中热图部分画不出来

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circos作图时，热图那个圈出现问题，画不出来