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老师你好，共线性分析问题

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你好老师，在基因家族比较时候，准备bed文件和CDS文件问题

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软件安装

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软件无法使用

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共线性分析出错

  • zhoy 2019-11-15 14:38
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hmmsearch时解析文件失败，结果文件是空的，是什么原因？

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用GSDS构建启动子元件图出现Error: BED file parsing error. Error: GFF file parsing error. Error: 35

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老师，我发现同一物种在不同的网站下载的cds,pep,gff文件信息有些不同，比如有个转录本信息在NCBI下载的cds文件中就可以找到，在jgi下载的cds文件中就没有。这样鉴定的成员数目是不是就不对呢

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老师，一个物种的某个基因家族基因鉴定完成，我还有必要再次鉴定其数目吗，还是说按着已发表文章家族成员，继续向下分析。

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老师，请问我在做基因组间共线性分析，我的gff 文件，和cds 文件格式如下，如何修改这两个脚本文件get _gene _bed.pl和get _fa _by _bed. pl ，才能提取成功进行下一步分析，谢谢！！

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老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

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下图蓝色块是我想研究的结构域，按老师讲的脚本应该$a[9]==3，可是为什么提取不到这部分的结构域序列呢？请问哪里是不是错了呢？我该怎样调整呢？之前做的这个文件geneid2mRNAid.txt也是空的。

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无法运行meme

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3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

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哥，您好，如何检查GFF文件里面的mRNA ID是否对应一致，或者如何改脚本，get_gene_weizhi.pl

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3 为什么预测基因家族顺势原件位置信息出来是空表

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基因 定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

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为什么第一次搜索结构域搜出来是空的？

  • 2019-11-05 09:17
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hmmsearch的输出文件的E值可以向大调吗？

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老师你好，关于基因家族成员的鉴定