过滤fasta文件

过滤fasta文件

fasta文件有其固定的格式,如果某些序列格式错误或者出现一些不该出现的字符(例如乱码),就需要过滤掉这些序列。过滤方法比较简单,一个脚本就可以完成,避免重复的手动删除。

脚本运行命令:

perl  fasta.filter.pl  -in in.fasta  -o out.fasta

其中 :

fasta.filter.pl:脚本名称;

-in:输入选项,后跟输入文件名称;

-o:输出选项,后跟输出文件名称。

脚本如下:

use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Getopt::Long;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"in=s","o=s","h");
my$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{in}" ,
                                -format => 'Fasta');
my$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$opts{o}" ,
                                -format => 'Fasta');
while(my $seq = $in->next_seq()){
 my ($id,$seqence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
 next if($seqence eq "");
 next if($seqence =~ [^ATCGNatcgn]);
 $out->write_seq($seq);
 $out->close();
}
 $in->close();
 $out->close();




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  • 发表于 2019-09-27 15:27
  • 阅读 ( 396 )
  • 分类:软件工具

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安生水
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