fastq文件转换成fasta 文件perl

fastq文件转换成fasta 文件perl



die "perl $0 <fq1><OUT1>" unless(@ARGV==2);
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;

open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[0] |" or die "$!";
my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');

open my $GZ1 ,"| gzip > $ARGV[1]" or die $!;
my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fasta');
my$i=0;
while ( my $obj1=$fq1->next_seq() ) {
#my$id1=$obj1->id;
#my$id2=$obj2->id;
#print "$id1,$id2\n";
#die;
#if( exists $keep{$id1} or exists $keep{$id2}){
$fqo1->write_seq($obj1);
#}
}
$fq1->close();
$GZ1->close();
  • 发表于 2022-05-12 16:38
  • 阅读 ( 1545 )
  • 分类:perl

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

674 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 674 文章
  2. 安生水 335 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. xun 71 文章
  8. rzx 71 文章