NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件等

NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件,以及获得细胞器基因组的全部基因名称

NCBI搜索所需物种

以查找漾濞槭(Acer yangbiense)叶绿体和线粒体基因组为例:
打开NCBI("https://www.ncbi.nlm.nih.gov"),选择基因组数据库(Gneome)数据库搜索物种名:"Acer yangbiense"

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                                                                                漾濞槭基因组表单

跳转到漾濞槭的基因组详情页,往下翻阅

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                                                                     漾濞槭基因组染色体详细表

下载细胞器基因组fasta文件、gff3注释文件、GeneBank格式的gb文件


直接点击对应的序列号,如点击叶绿体基因组序列号 CM017775.1

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点击右上角”send to“,选择file,即可下载多种格式文件,如GeneBank格式的gb文件,基因组序列fasta文件,基因组gff3注释文件等

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下载细胞器基因组gtf文件,获取线粒体所有基因名

以上漾濞槭例子中没有RefSeq信息,接下来以斑胸草雀为例,在斑胸草雀的参考基因组染色体详细表单中定位到Type列为MT的染色体(线粒体基因组),记下对应的RefSeq(Scaffold序列号)NC_007897.1

attachments-2022-12-0gmcBXzI638d94e9b03f2.png                                                    (太长了,省略中间部分

attachments-2022-12-VIWudMfe638d944cd82cd.png                                               斑胸草雀基因组染色体详细表单

接下来下载斑胸草雀的参考基因组的注释文件,点击Assembly跳转

attachments-2022-12-Q7v5zuiN638d8e2847e47.png
                                                                                                     Assembly下载页面

在斑胸草雀基因组的Assembly页面点击Download Assemblies 选择RefSeq(参考基因组)的Genomic.gtf文件下载注释文件,下载后打开

attachments-2022-12-3ousMsFH638d8e3eacd31.png                                                                                                     下载的gtf文件

用less -S 命令查看 less -S GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf ;红框的部分显示的是所有Scaffold序列号

attachments-2022-12-RqCJQN1V638d8e719e43a.png                                                                                                    斑胸草雀基因组gtf详情

用以下shell命令提取NC_007897.1序列(线粒体基因组)的的注释信息,然后提取出”gene"标签的内容,去重得到的便是线粒体基因名

cat GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf | awk '{if($1 == "NC_007897.1"){print $0}}' | awk '{match($0,/.+gene ([^;]+)/,a);print a[1]}' | sort -u >GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri.MitoFeatures.txt

部分参考:https://www.jianshu.com/p/ec84f635145d

  • 发表于 2022-12-05 14:58
  • 阅读 ( 3912 )
  • 分类:基础知识

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星莓
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