seqkit根据序列ID筛选fasta文件

seqkit根据序列ID筛选fasta文件
#根据序列ID特点筛选对应ID序列
$ zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -r -p ^hsa >hsa-let-7a-1 MI0000060 Homo sapiens let-7a-1 stem-loop UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAU ACAAUCUACUGUCUUUCCUA >hsa-let-7a-2 MI0000061 Homo sapiens let-7a-2 stem-loop AGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUAGAAUUACAUCAAGGGAGAUAACUGUACAGCCU CCUAGCUUUCCU
#多次使用
$ zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -r -p ^hsa -p ^mmu -v
#根据ID提取序列
$ seqkit grep -f id.txt seqs.fq.gz -o result.fq.gz # ignore case $ seqkit grep -i -f id.txt seqs.fq.gz -o result.fq.gz

更多使用方法见:https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/

  • 发表于 2022-08-09 11:05
  • 阅读 ( 2243 )
  • 分类:linux

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

655 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 655 文章
  2. 安生水 327 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. rzx 67 文章
  8. xun 66 文章