GCTA 分析PCA

GCTA 分析PCA
#方法2:
#GCTA 分析PCA 
## vcf转bed格式
plink --vcf  clean.sorted.vcf.gz --make-bed   \
    --out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \
    --keep-allele-order --vcf-half-call missing
## 生成grm文件
gcta64 --bfile all.LDfilter  -autosome  --make-grm  --out GA
## 进行PCA分析  主要做人的 要求为数字染色体:
#帮助文档https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Datamanagement
gcta64 --grm GA --pca 20  --out PCA_out  --threads 10 \
    --maf 0.05  


GCTA主要是分析人的数据,如果分析其他动植物需要对染色体体进行重新编号,不然会报错:

--bfile all.LDfilter -autosome
--make-grm
--out GA
Note: GRM is computed using the SNPs on the autosome.
Reading PLINK FAM file from [all.LDfilter.fam]...
176 individuals to be included from FAM file.
176 individuals to be included. 0 males, 0 females, 176 unknown.
Reading PLINK BIM file from [all.LDfilter.bim]...
Error: Line 36188 of [all.LDfilter.bim] contains illegal chr number, please check
An error occurs, please check the options or data


  • 发表于 2020-10-12 15:41
  • 阅读 ( 64 )
  • 分类:遗传进化

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